Amber cpptraj 中 Extended (DSSP) 二级结构解析

在使用 Amber cpptraj 进行分子动力学轨迹分析时，DSSP (Dictionary of Secondary Structure of Proteins) 是一种常用的分析蛋白质二级结构的方法。DSSP 会将氨基酸残基分配到不同的二级结构类型中。其中，'Extended' 代表延伸链的二级结构，通常表示蛋白质中的 β-折叠结构。

DSSP 定义的二级结构类型

DSSP 将蛋白质二级结构分为以下几种类型：

H (α-螺旋): 由氢键稳定的右手螺旋结构。* B (β-桥): 由两个或多个 β-折叠链之间的氢键形成的片状结构。* E (延伸链): 通常指形成 β-折叠结构的延伸链。* G (3-10 螺旋): 一种比 α-螺旋更紧密的螺旋结构。* I (π 螺旋): 一种比 α-螺旋更松散的螺旋结构。* T (转角): 连接 α-螺旋和 β-折叠的短片段。* C (无规则卷曲): 不属于以上任何一种类型的结构。

因此，在 Amber cpptraj 的 DSSP 分析结果中，'Extended' 表示该残基属于延伸链，通常参与形成蛋白质的 β-折叠结构。