GATK 模块全解析：从预处理到功能注释

GATK 是广泛使用的基因组分析工具，包含以下模块：

Pre-processing 模块：包括 BaseRecalibrator、PrintReads、RealignerTargetCreator 和 IndelRealigner 等工具，用于对测序数据进行预处理，包括错误校正、重比对和局部重比对等。
Variant Discovery 模块：包括 HaplotypeCaller、Mutect2、UnifiedGenotyper 和 VariantFiltration 等工具，用于从测序数据中发现变异位点，包括单核苷酸变异、插入/缺失、结构变异等。
Variant Evaluation 模块：包括 VariantAnnotator 和 VariantRecalibrator 等工具，用于对变异位点进行评估和注释，包括变异类型、基因功能、频率等。
Quality Control 模块：包括 DepthOfCoverage、CountReads 和 ValidateVariants 等工具，用于对测序数据和变异位点进行质量控制，包括覆盖深度、样本质量等。
Functional Annotation 模块：包括 Funcotator 和 SnpEff 等工具，用于对变异位点进行功能注释，包括基因功能、通路分析等。
Phylogenetics 模块：包括 TreeBest 和 PhyloCSF 等工具，用于构建进化树和分析序列保守性。
Data Transformation 模块：包括 CatVariants 和 CombineVariants 等工具，用于将多个 VCF 文件合并为一个文件，并进行格式转换。
Other Tools 模块：包括 FastaAlternateReferenceMaker、SelectVariants 和 VariantToTable 等工具，用于特定的数据处理和分析任务。