肿瘤和正常组织启动子区域DNA甲基化差异分析

我们从TCGA数据库中收集了450k Illumina bead arrays的DNA甲基化数据，包括肿瘤和相邻正常组织。对于每个基因，我们根据GENCODE注释（v.28）的5'-注释转录本的起始位点，定义了一个±1,000个碱基对的启动子区域。然后，我们计算每个基因所有定义启动子窗口内的CpG位点的β值的平均值，以计算每个基因的平均启动子甲基化。为了考虑批次效应，我们在每个癌症类型上使用ComBat77，并将样本的板号作为批次变量用于其潜变量模型。对于每个癌症类型c中的基因i，我们定义了其启动子处的差异性DNA甲基化（dmci）的测量，即在所有可用于c的样本Sc中，肿瘤t（βti）和匹配的正常样本t（βni）之间的甲基化信号差异的平均值。