这段代码用于进行基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)和绘制结果。具体步骤如下:

  • 'edo2 <- gseDO(foldchanges)': 使用差异表达基因的折叠变化值(foldchanges)作为输入,进行差异基因富集分析,并将结果保存在'edo2'变量中。
  • 'pdf('kegg_gsea gbm.pdf',height = 15,width = 15,onefile = T)': 创建一个PDF文件,用于保存后续绘制的dotplot图。PDF文件尺寸为15x15英寸。
  • 'dotplot(kk2, showCategory=30) + ggtitle('dotplot for kegg')': 绘制基因集富集分析结果的dotplot图,其中'kk2'为进行富集分析后的结果,'showCategory=30'表示显示前30个富集的基因集,'ggtitle('dotplot for kegg')'为图的标题。
  • 'dotplot(edo2, showCategory=30) + ggtitle('dotplot for GSEA')': 绘制GSEA分析结果的dotplot图,其中'edo2'为进行GSEA分析后的结果,'showCategory=30'表示显示前30个富集的基因集,'ggtitle('dotplot for GSEA')'为图的标题。
  • 'dev.off()': 关闭PDF文件。

代码示例中分别绘制了KEGG富集分析和GSEA分析的dotplot图,最终将结果保存为一个名为'kegg_gsea gbm.pdf'的PDF文件。

基因集富集分析(GSEA)结果可视化:绘制dotplot图

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