Python代码合并多个fasta序列文件

以下是用Python代码合并一个文件夹下多个fasta序列文件的示例代码：

import os

# 定义函数，读取fasta文件，返回序列和标题
def read_fasta(file):
    seq = ''
    title = ''
    with open(file, 'r') as f:
        for line in f:
            if line.startswith('>'):
                title = line.rstrip()
            else:
                seq += line.rstrip()
    return title, seq

# 定义函数，将多个fasta序列文件合并成一个文件
def merge_fasta_files(folder_path, output_file):
    # 获取文件夹下所有fasta文件
    files = [f for f in os.listdir(folder_path) if f.endswith('.fasta')]
    # 打开输出文件
    with open(output_file, 'w') as out:
        # 遍历所有fasta文件，读取序列并写入输出文件
        for file in files:
            title, seq = read_fasta(os.path.join(folder_path, file))
            out.write(title + '\n')
            out.write(seq + '\n')

# 测试代码
if __name__ == '__main__':
    folder_path = 'fasta_files'
    output_file = 'merged.fasta'
    merge_fasta_files(folder_path, output_file)

该代码中，read_fasta函数用于读取fasta文件，返回序列和标题。merge_fasta_files函数用于将多个fasta序列文件合并成一个文件。该函数首先获取文件夹下所有fasta文件，然后遍历所有文件，读取序列并写入输出文件。最后，测试代码通过调用merge_fasta_files函数将fasta文件夹中的所有fasta序列文件合并成一个文件merged.fasta。