Rosetta 命令行运行教程：从集群到本地终端

本文将教你如何将原本在集群上运行的 Rosetta 脚本修改为可在本地终端执行的命令。

集群脚本示例:

Executable = /work/davis/ligand_dock.linuxiccrelease
Universe = vanilla
Initialdir = /work/davis/projects/jnk_sampl

Arguments = @FLAGS.txt -in:file:s input/jnk_pp_1_001.pdb -out:path:pdb work/jnk_pp_1_001/$(Process) -run:seed_offset $(Process) -out:suffix _$(Process)
Queue 10

本地终端命令行修改方法：

修改 Executable 路径: 将 Executable 的路径修改为本地 Rosetta 可执行文件的路径。例如：
```
Executable = /home/user/ligand_dock.linuxiccrelease 
```
修改 Initialdir 路径: 将 Initialdir 的路径修改为本地项目的根目录。例如：
```
Initialdir = /home/user/projects/jnk_sampl 
```

修改 Arguments 中的路径: 根据实际情况修改 Arguments 中涉及到的文件路径，确保指向本地文件。例如：

Arguments = @FLAGS.txt -in:file:s input/jnk_pp_1_001.pdb -out:path:pdb /home/user/projects/jnk_sampl/work/jnk_pp_1_001/$(Process) -run:seed_offset $(Process) -out:suffix _$(Process)

移除 Queue 参数: Queue 参数用于集群任务调度，在本地终端运行时需要删除。

最终的本地终端命令:

/home/user/ligand_dock.linuxiccrelease @FLAGS.txt -in:file:s input/jnk_pp_1_001.pdb -out:path:pdb /home/user/projects/jnk_sampl/work/jnk_pp_1_001/$(Process) -run:seed_offset $(Process) -out:suffix _$(Process)

注意事项：

请将上述示例路径替换为你的实际文件路径。
确保已在本地安装 Rosetta 软件并配置好运行环境。