Rosetta 蛋白质设计软件结构优化：Relax 命令详解

Rosetta 蛋白质设计软件的 relax 命令用于优化蛋白质结构。命令格式如下：

-relax.linuxgccrelease -database /path/to/rosetta/main/database -in:file:s input.pdb -in:file:fullatom -native 1a19.pdb -out:file:silent default.out -relax:quick

参数说明：

• -in:file:fullatom：指定输入结构为全原子模型。
• -native 1a19.pdb：指定 native 结构文件，用于评估 relax 效果。

为什么要进行 -in:file:fullatom -native 1a19.pdb 这一步？

如果存在 native 结构，这一步可以让 Rosetta 在 relax 过程中比较 relaxed 结构和 native 结构之间的差异，从而评估 relax 效果。

如果没有 native 结构，应该怎么办？

如果用户没有 native 结构，可以将 -in:file:fullatom -native 1a19.pdb 这部分省略掉。同时，可以使用一个相关的结构作为参考，或者在输出文件中查看 relaxed 结构的质量评估指标，如 RMSD 等。