Rosetta 蛋白质设计软件：Relax 操作详解及参数说明

如果您要对一个结构进行 relax 操作，您需要提供一个输入结构文件 (input.pdb)，同时也需要提供一个 native 结构文件 (1a19.pdb)，以便 Rosetta 可以计算 relax 操作后与 native 结构的 RMSD，并将结果输出到 default.out 文件中。在这个例子中，-in:file:fullatom 选项告诉 Rosetta 输入文件是 fullatom 格式的，这是默认的格式。-native 选项告诉 Rosetta 使用 1a19.pdb 作为 native 结构。如果不提供 native 结构，Rosetta 将无法计算 RMSD 并输出结果。

-in:file:fullatom -native 1a19.pdb 参数说明

• -in:file:fullatom: 指定输入结构文件为 fullatom 格式。
• -native 1a19.pdb: 指定 1a19.pdb 文件为 native 结构，用于计算 relax 操作后的 RMSD。

为什么需要提供 Native 结构？

提供 native 结构可以帮助 Rosetta 评估 relax 操作的效果。通过计算 relax 操作后的结构与 native 结构的 RMSD，可以判断 relax 操作是否改善了结构的质量。如果没有 native 结构，Rosetta 将无法进行 RMSD 计算，也就无法评估 relax 操作的效果。

其他参数说明

• -relax.linuxgccrelease: 指定使用 linuxgccrelease 版本的 Rosetta 软件。
• -database /path/to/rosetta/main/database: 指定 Rosetta 软件的数据库路径。
• -in:file:s input.pdb: 指定输入结构文件为 input.pdb。
• -out:file:silent default.out: 指定输出结果文件为 default.out，并以 silent 格式输出。
• -relax:quick: 指定使用快速 relax 操作模式。

总结

使用 Rosetta 进行 relax 操作时，需要提供输入结构文件、native 结构文件以及其他必要的参数。通过 relax 操作可以优化蛋白质结构，并通过与 native 结构的 RMSD 评估 relax 操作的效果。