Rosetta 蛋白质设计参数详解：从 -extra_res_fa 到 -extrachi_cutoff

Rosetta 蛋白质设计参数详解：从 -extra_res_fa 到 -extrachi_cutoff

这篇文章解读了Rosetta蛋白质设计中常用的参数，帮助您理解和优化Rosetta蛋白质设计流程。

文件参数

• -extra_res_fa /GFPS8p/taoy/zhang_jian/zj_cns_rosetta/LIG.params: 指定包含非标准氨基酸或配体参数的文件路径。* -resfile /GFPS8p/taoy/zhang_jian/zj_cns_rosetta/design_resfile.flags: 指定包含设计位置和氨基酸限制的文件路径。* -cstfile /GFPS8p/taoy/zhang_jian/zj_cns_rosetta/LIG.cst: 指定包含距离、角度等约束条件的文件路径。* -out:file:o enz_score.out: 指定输出结果文件的名称。

enzdes 参数

• -ex1， -ex2: 启用第一层和第二层侧链自由度采样，用于更精细的侧链构象搜索。* -enzdes: 启用酶设计协议，包含以下子选项： * -cst_predock: 使用约束条件进行初始对接。 * -cst_design: 在设计过程中应用约束条件。 * -detect_design_interface: 自动检测并定义蛋白质-配体界面。 * -cut1 0.0 -cut2 0.0 -cut3 8.0 -cut4 10.0: 定义蛋白质-配体界面的距离阈值。 * -cst_min -chi_min -bb_min: 对约束条件、侧链角度和主链二面角进行最小化。 * -cst_opt: 优化约束条件以改善结合亲和力。 * -include_catres_in_interface_detection: 将催化残基包含在界面检测中。 * -design_min_cycles 3: 设置设计和最小化的循环次数。

packing 参数* -packing: 启用侧链堆积优化。 * -linmem_ig 10: 使用线性内存贪婪算法进行侧链堆积。 * -use_input_sc: 使用输入结构的侧链构象作为起始点。 * -soft_rep_design: 使用软球斥力模型进行设计。

其他参数* -extrachi_cutoff 1: 是否考虑额外的氨基酸侧链构象，1为考虑，0为不考虑。* -ex1:level 3 -ex2:level 3 -ex1aro:level 3 -ex2aro:level 3: 设置不同类型氨基酸的侧链自由度采样级别，级别越高，采样越精细，计算量也越大。* -nblist_autoupdate: 自动更新非键相互作用列表。* -restore_talaris_behavior: 使用Talaris 2014能量函数。

侧链自由度采样级别

• -extrachi_cutoff 1: 考虑额外的侧链构象，可以提高精度，但会增加计算量。* -ex1:level 3 -ex2:level 3 -ex1aro:level 3 -ex2aro:level 3: 侧链自由度采样级别越高，计算量越大，但可以找到更优的构象。

选择合适的侧链自由度采样级别需要根据具体情况权衡精度和计算效率。

希望这篇文章能够帮助您更好地理解和使用Rosetta进行蛋白质设计!