Rosetta 酶设计参数文件 - enz_score.out

该文件是一个Rosetta软件的命令行参数文件，用于指定程序运行时的设置和参数。以下是每个参数的解释：

-extra_res_fa '/GFPS8p/taoy/zhang_jian/zj_cns_rosetta/LIG.params'：指定额外的残基参数文件，用于描述LIG残基的化学性质。

-resfile '/GFPS8p/taoy/zhang_jian/zj_cns_rosetta/design_resfile.flags'：指定一个残基文件，用于指定哪些氨基酸残基需要进行设计。

-ex1：指定使用第一层的侧链自由度。

-ex2：指定使用第二层的侧链自由度。

-enzdes：指定进行酶设计。

-cst_predock：指定在预对接阶段使用约束。

-cst_design：指定在设计阶段使用约束。

-detect_design_interface：指定在设计接口时检测。

-cut1 0.0：指定第一层截断距离。

-cut2 0.0：指定第二层截断距离。

-cut3 8.0：指定第三层截断距离。

-cut4 10.0：指定第四层截断距离。

-cst_min：指定在最小化阶段使用约束。

-chi_min：指定在最小化阶段优化侧链二面角。

-bb_min：指定在最小化阶段优化主链二面角。

-cst_opt：指定在优化阶段使用约束。

-cstfile '/GFPS8p/taoy/zhang_jian/zj_cns_rosetta/LIG.cst'：指定约束文件。

-include_catres_in_interface_detection：指定在接口检测中包括CAT残基。

-design_min_cycles 3：指定设计最小化循环的次数。

-packing：指定进行打包。

-linmem_ig 10：指定使用10个线性内存。

-use_input_sc：指定使用输入的侧链构象。

-soft_rep_design：指定在设计阶段使用软排斥。

-extrachi_cutoff 1：指定额外的氨基酸侧链的截断距离。

-ex1:level 3：指定第一层侧链自由度的级别为3。

-ex2:level 3：指定第二层侧链自由度的级别为3。

-ex1aro:level 3：指定第一层芳香族氨基酸侧链自由度的级别为3。

-ex2aro:level 3：指定第二层芳香族氨基酸侧链自由度的级别为3。

-out:file:o enz_score.out：指定输出文件为enz_score.out。

-nblist_autoupdate：指定自动更新非键列表。

-restore_talaris_behavior：指定恢复Talaris的行为。