全基因组关联分析(GWAS)为何遗漏已知关联基因？

全基因组关联分析(GWAS)作为一种强大的工具，被广泛应用于探索基因与性状之间的关联。然而，GWAS有时无法识别已知与特定性状显著相关的基因。以下几个因素可能导致这种情况：

1. 复杂性状的挑战: 许多性状并非单个基因就能决定，而是受多个基因和环境因素共同影响。这些基因对性状的贡献可能相对较小，难以通过GWAS单独识别。此外，GWAS主要关注线性关系，而基因与性状间的关系可能是非线性的，导致部分关联被遗漏。

2. 样本量的影响: GWAS需要大规模样本来确保统计功效。即使对于已知关联基因，样本量不足也可能导致其无法被检测到。

3. 罕见变异的局限: GWAS主要关注常见变异（频率>5%）与性状的关联，而罕见变异（频率<5%）难以被有效识别。然而，罕见变异在某些性状中可能发挥着重要作用，导致部分关联基因被遗漏。

4. 数据库遗漏的风险: GWAS依赖于已知的基因组变异数据库。如果与性状相关的基因组变异尚未被发现或记录在数据库中，则GWAS也无法识别这些基因。

总结: GWAS结果的解读需要谨慎，因为它可能受到复杂性状、样本量、罕见变异和数据库遗漏等多种因素的影响。结合其他实验和功能研究进行验证和解释至关重要。