基于FANTOM数据的启动子活性分析验证: RNA-seq与CAGE的可靠性比较

根据专家三的建议，本研究采用了FANTOM中HepG2的CAGE数据进行分析。结果显示，在高启动子活性组中几乎所有的启动子都可以检测到CAGE信号，而无活性启动子中只有极少数可以检测到CAGE信号。这表明RNA-seq计算启动子活性的可靠性与CAGE相当。此外，通过'proActiv'的启动子活性分析也能够检测出经典选择性启动子RASSF1中不同启动子活性的变化，这说明该算法具有较高的可靠性。同时，本研究还通过RT-qPCR在HepG2中验证了ARAP1启动子活性与转录表达丰度的一致性。这一结果在实验层面上验证了启动子活性计算的可靠性。