翻译In this step-by-step guide we provide the user with the steps and commands they have to run in order to re-design the ligand binding sites of the protein of interest Notes for the reader i the text

在这个逐步指南中，我们为用户提供了一系列步骤和命令，以重新设计感兴趣蛋白质的配体结合位点。读者需注意：（i）斜体字的文本应根据用户的喜好进行更改，（ii）为了使用这里提供的命令所指定的Rosetta文件，用户需要知道文件和路径。在这里，我们提供了2020年6月的文件路径。然而，根据Rosetta版本的不同，这些路径可能会发生变化。如果是这种情况，用户在运行命令时将看到错误消息。为了找到文件的路径，可以使用命令find -name name_of_the_Rosetta_file_to_be_used。然后，他们将不得不在我们提供的命令中更改文件的路径。