Linux VASP 提交脚本编写教程：PBS 示例与优化技巧

VASP 是一种基于 Linux 操作系统的分子动力学软件，用于计算物质的电子结构和材料性质。在 Linux 中，可以使用 PBS 或 SLURM 等作业调度系统来提交 VASP 计算任务。以下是一个示例 PBS 提交脚本：

#!/bin/bash
#PBS -N vasp
#PBS -l nodes=1:ppn=16
#PBS -l walltime=24:00:00
#PBS -j oe
#PBS -o vasp.out
#PBS -m ae
#PBS -M your_email_address

module load vasp/5.4.4

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 16 vasp_std > vasp.log

上述脚本中，首先指定了作业的名称（-N），节点数和每个节点的处理器数量（-l nodes、-l ppn），以及作业运行的时间限制（-l walltime）。接着设置了输出文件的名称和路径（-j、-o），并指定了在作业结束后向指定的邮箱发送通知邮件（-m、-M）。

在脚本中使用了 module load 命令加载了 VASP 软件。最后使用 mpirun 命令启动 VASP 计算任务，并将输出重定向到指定的日志文件中。

优化技巧：

• 合理分配资源: 根据计算任务的规模和硬件资源情况，调整节点数和处理器数量，以提高计算效率。
• 设置时间限制: 根据预估的计算时间，设置合理的 walltime，避免作业因时间限制而被中断。
• 监控作业进度: 定期查看日志文件，了解作业的运行情况，及时发现并解决问题。
• 使用优化参数: 根据具体的计算任务，选择合适的 VASP 参数，例如使用 PREC=Accurate 提高计算精度。

注意： 以上示例脚本仅供参考，请根据实际情况进行修改。