AAV基因组完整性和纯度分析：毛细管凝胶电泳的新方法

腺相关病毒 (AAV) 是一种很有前途的基因治疗载体，但 AAV 制造过程中的一个主要挑战是表征和鉴定基因组水平上的产品相关杂质。AAV 基因组的完整性和纯度对于确保病毒载体的安全性、有效性和效力至关重要。

目前用于 AAV 基因组完整性和纯度分析的方法，如变性琼脂糖凝胶电泳、Southern 印迹分析、定量聚合酶链反应 (qPCR)、尺寸排斥高效液相色谱 (SEC-HPLC) 和下一代测序 (NGS)，都存在局限性。这些局限性包括分辨率有限、无法检测某些类型的杂质、耗时或成本高昂。

毛细管凝胶电泳 (CGE) 是一种成熟的生物分析技术，已广泛用于核酸分离和分析。凭借其高分辨率、灵敏度和自动化能力，CGE 为 AAV 基因组完整性和纯度分析提供了一种有吸引力的替代方案。

本文介绍了一种利用 CGE 和激光诱导荧光 (LIF) 检测来分析 AAV 基因组完整性和纯度的标准化和加速样品制备工作流程。该工作流程包括以下步骤：

1. AAV 样品制备：从细胞培养上清液或纯化病毒载体制剂中提取 AAV 基因组 DNA。
2. CGE-LIF 分析：使用 CGE-LIF 系统根据大小和电荷分离 AAV 基因组 DNA 片段。
3. 数据分析：使用合适的软件分析 CGE-LIF 数据，以确定 AAV 基因组的完整性和纯度。

与现有方法相比，CGE-LIF 方法具有多项优势，包括：

• **高分辨率：**CGE-LIF 可以解析大小差异很小的 DNA 片段，从而可以检测 AAV 基因组中的细微变化。
• **高灵敏度：**CGE-LIF 可以检测低浓度的 DNA，使其适用于分析 AAV 基因组的少量样品。
• **自动化：**CGE-LIF 系统可以实现自动化，从而减少了人工操作并提高了数据的可重复性。
• **多功能性：**CGE-LIF 可用于分析各种 AAV 血清型和制剂。

总之，CGE-LIF 方法为 AAV 基因组完整性和纯度分析提供了一种强大、可靠和高分辨率的解决方案。与现有方法相比，该方法具有多项优势，使其成为 AAV 基因治疗产品质量控制的宝贵工具。