如何从有众多子序列的fasta文件中提取出部分子序列的python代码

以下是一个简单的Python代码示例，可以从fasta文件中提取包含特定ID的子序列：

from Bio import SeqIO

# 输入文件名、输出文件名、目标ID列表
input_file = "input.fasta"
output_file = "output.fasta"
target_ids = ["id1", "id2", "id3"]

# 遍历fasta文件，提取目标ID的子序列并写入输出文件
with open(output_file, "w") as out_handle:
    for record in SeqIO.parse(input_file, "fasta"):
        if record.id in target_ids:
            SeqIO.write(record, out_handle, "fasta")

在这个示例中，我们使用了Biopython库中的SeqIO模块来读取fasta文件和写入fasta文件。我们定义了输入文件名、输出文件名和目标ID列表，并遍历输入fasta文件来查找目标ID。如果找到了目标ID，则将该记录写入输出文件。