在Windows系统里使用K-mer估计基因组大小的python代码

以下是一个简单的Python代码示例，用于在Windows系统中使用K-mer计数估算基因组大小：

import argparse
import subprocess

def count_kmers(input_file, k):
    cmd = ['jellyfish', 'count', '-m', str(k), '-s', '100M', '-t', '4', '-C', input_file, '-o', 'kmers.jf']
    subprocess.run(cmd, check=True)
    cmd = ['jellyfish', 'stats', 'kmers.jf']
    result = subprocess.run(cmd, check=True, stdout=subprocess.PIPE, universal_newlines=True)
    for line in result.stdout.splitlines():
        if line.startswith('Estimated genome size:'):
            return int(line.split()[3])

if __name__ == '__main__':
    parser = argparse.ArgumentParser(description='Estimate genome size using K-mer counting.')
    parser.add_argument('input_file', metavar='input_file', type=str, help='Input FASTA file')
    parser.add_argument('-k', metavar='k', type=int, default=21, help='K-mer size')
    args = parser.parse_args()

    genome_size = count_kmers(args.input_file, args.k)
    print(f"Estimated genome size: {genome_size} bp")

该代码使用jellyfish库计算输入FASTA文件中的K-mer频率，并使用jellyfish的stats命令估计基因组大小。使用argparse库解析命令行参数，可以指定K-mer大小。

要使用此代码，请先确保已安装jellyfish库，并将其添加到系统PATH中。在Windows上，可以从https://github.com/gmarcais/Jellyfish/releases下载预先编译的二进制文件，并将其添加到PATH中。