EasyMicrobiome summarizeAbundance.py 脚本解析 - 基于EGGNOG注释的微生物丰度统计

EasyMicrobiome summarizeAbundance.py 脚本解析 - 基于EGGNOG注释的微生物丰度统计

该脚本用于对微生物组数据进行丰度统计，并根据EGGNOG注释结果进行分类。以下是脚本的使用方法和参数说明：

/home/liulanzhou/miniconda3/envs/humann3/bin/python3 /home/liulanzhou/db/EasyMicrobiome/script/summarizeAbundance.py -i /home/liulanzhou/metagenome/lss/result/salmon/single.gene.TPM -m /home/liulanzhou/metagenome/lss/eggnog/singleoutput -c '7,12,19' -s '*+,+,' -n raw -o /home/liulanzhou/metagenome/lss/result/eggnog/singleeggnog

参数解释：

• /home/liulanzhou/miniconda3/envs/humann3/bin/python3: 运行该脚本的Python解释器路径。
• /home/liulanzhou/db/EasyMicrobiome/script/summarizeAbundance.py: 要运行的脚本的路径。
• -i /home/liulanzhou/metagenome/lss/result/salmon/single.gene.TPM: 输入文件的路径。这个文件是单基因的TPM值。
• -m /home/liulanzhou/metagenome/lss/eggnog/singleoutput: 输出文件的路径。这个文件是EGGNOG注释的结果。
• -c '7,12,19': 要统计的分类级别的索引。在这个例子中，将统计第7、第12和第19个分类级别。
• -s '*+,+,': 每个分类级别的筛选条件。在这个例子中，第7个分类级别的筛选条件是'*+'，第12个分类级别的筛选条件是'+'，第19个分类级别的筛选条件是','。
• -n raw: 输出文件的后缀名。在这个例子中，输出文件的后缀名将是“raw”。
• -o /home/liulanzhou/metagenome/lss/result/eggnog/singleeggnog: 输出文件的目录。在这个例子中，输出文件将保存在指定的目录下。

总结：

该脚本通过调用EGGNOG注释结果，对输入的单基因TPM值进行丰度统计，并根据指定条件筛选输出结果。该脚本可用于对微生物组数据进行深入分析，并根据功能分类信息了解微生物群落的组成和功能。