使用 Time Megahit 进行多样本组装的命令详解

本文将详细解读以下命令，它使用 time megahit 命令对多个样本的 PE (paired-end) fastq 文件进行组装，并将结果输出到 mulltimegahit 目录中。

time megahit -t 18 \\
-1 `tail -n+2 metadata.txt|cut -f1|sed 's/^/kneaddata//;s/$/_R1_kneaddata_paired_1.fastq/'|tr '\\n' ','|sed 's/,$//'` \\
-2 `tail -n+2 metadata.txt|cut -f1|sed 's/^/kneaddata//;s/$/_R1_kneaddata_paired_2.fastq/'|tr '\\n' ','|sed 's/,$//'` \\
-o mulltimegahit

命令解读如下：

time megahit -t 18：运行 time megahit 命令，使用 18 个线程进行组装。
-1：指定输入的第一组 PE fastq 文件。
- tail -n+2 metadata.txt：从 metadata.txt 文件中提取第 2 行及之后的内容。
- cut -f1：根据字段提取第 1 列。
- sed 's/^/kneaddata//;s/$/_R1_kneaddata_paired_1.fastq/'：在每行开头加上 "kneaddata/"，并在末尾加上 "_R1_kneaddata_paired_1.fastq"。
- tr '\\n' ','：将每行以逗号分隔。
- sed 's/,$//'：删除最后一个逗号。
-2：指定输入的第二组 PE fastq 文件，处理方法与上述相同。
-o mulltimegahit：指定输出目录为 mulltimegahit。

总结：

该命令利用 time megahit 对多个样本的 PE fastq 文件进行组装，并将结果输出到指定目录。该命令使用管道操作符 | 将多个命令组合在一起，实现复杂的功能。