Python Mpro_dock 函数:SMILES 字符串的分子对接
这段代码定义了一个名为 Mpro_dock 的函数,该函数接受一个 SMILES 字符串作为参数,并使用 dockstring 库对该 SMILES 字符串进行分子对接,以预测其与目标蛋白 6yb7 的结合分数。
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from dockstring import load_target, list_all_target_names: 这行代码从dockstring模块中导入load_target和list_all_target_names函数。load_target函数用于加载目标蛋白信息,而list_all_target_names函数用于列出所有可用的目标蛋白名称。 -
import rdkit.Chem as Chem: 这行代码导入rdkit.Chem模块,并将其命名为Chem。rdkit库是一个用于化学信息学和药物化学的开源库,Chem模块提供了用于处理化学结构和操作的函数。 -
def Mpro_dock(smiles):: 这行代码定义了一个名为Mpro_dock的函数,该函数接受一个名为smiles的参数,该参数表示一个 SMILES 字符串,代表了要进行分子对接的化学结构。 -
try:: 这行代码开始一个try块,用于捕获可能发生的异常。 -
target = load_target('6yb7'): 这行代码调用load_target函数,将目标蛋白6yb7的信息加载到名为target的变量中。 -
score, aux = target.dock(smiles): 这行代码调用target对象的dock方法,将smiles参数传递给它,并返回对接分数 (score) 和辅助信息 (aux)。dock方法使用dockstring库进行分子对接计算。 -
except:: 这行代码标志着异常处理的开始,如果在try块中发生异常,则会执行except块中的代码。 -
score = 'e': 这行代码将变量score赋值为字符串'e',表示出现异常时的默认返回值。 -
return score: 这行代码返回score变量的值作为函数的结果。
简而言之,Mpro_dock 函数加载目标蛋白 6yb7 的信息,并将给定的 SMILES 字符串与该目标蛋白进行分子对接,返回对接分数。如果发生错误,则返回 'e'。
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