这段代码定义了一个名为 Mpro_dock 的函数,该函数接受一个 SMILES 字符串作为参数,并使用 dockstring 库对该 SMILES 字符串进行分子对接,以预测其与目标蛋白 6yb7 的结合分数。

  1. from dockstring import load_target, list_all_target_names: 这行代码从 dockstring 模块中导入 load_targetlist_all_target_names 函数。load_target 函数用于加载目标蛋白信息,而 list_all_target_names 函数用于列出所有可用的目标蛋白名称。

  2. import rdkit.Chem as Chem: 这行代码导入 rdkit.Chem 模块,并将其命名为 Chemrdkit 库是一个用于化学信息学和药物化学的开源库,Chem 模块提供了用于处理化学结构和操作的函数。

  3. def Mpro_dock(smiles):: 这行代码定义了一个名为 Mpro_dock 的函数,该函数接受一个名为 smiles 的参数,该参数表示一个 SMILES 字符串,代表了要进行分子对接的化学结构。

  4. try:: 这行代码开始一个 try 块,用于捕获可能发生的异常。

  5. target = load_target('6yb7'): 这行代码调用 load_target 函数,将目标蛋白 6yb7 的信息加载到名为 target 的变量中。

  6. score, aux = target.dock(smiles): 这行代码调用 target 对象的 dock 方法,将 smiles 参数传递给它,并返回对接分数 (score) 和辅助信息 (aux)。dock 方法使用 dockstring 库进行分子对接计算。

  7. except:: 这行代码标志着异常处理的开始,如果在 try 块中发生异常,则会执行 except 块中的代码。

  8. score = 'e': 这行代码将变量 score 赋值为字符串 'e',表示出现异常时的默认返回值。

  9. return score: 这行代码返回 score 变量的值作为函数的结果。

简而言之,Mpro_dock 函数加载目标蛋白 6yb7 的信息,并将给定的 SMILES 字符串与该目标蛋白进行分子对接,返回对接分数。如果发生错误,则返回 'e'

Python Mpro_dock 函数:SMILES 字符串的分子对接

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