扩增子测序研究中的Species Hypothesis和OTU：区别、联系及应用

在扩增子测序研究中，Species Hypothesis（物种假设）是指研究人员根据样品的DNA序列数据来推断样品中存在的物种。通过比对样品测序数据与已知物种的DNA序列数据进行相似性分析，可以推断样品中可能存在的物种。\r\n\r\nOTU（Operational Taxonomic Unit，操作分类单位）是将样品中的DNA序列按照相似性聚类分组的一种方法。通过比对样品测序数据的相似性，将相似的DNA序列聚类为一个OTU。OTU可以看作是一个代表性的序列，代表了样品中的一类相似的序列。\r\n\r\n所以，Species Hypothesis是对样品中可能存在的物种进行推断，而OTU则是根据相似性将样品中的DNA序列聚类为一个操作分类单位。OTU可以用于计算物种多样性、物种组成等指标，而Species Hypothesis则是推断样品中存在的具体物种。它们之间的联系在于，OTU可以用来支持或验证Species Hypothesis，即通过OTU的聚类结果来推断物种假设的准确性。