扩增子测序、Species Hypothesis和OTU区别详解

扩增子测序（amplicon sequencing）是一种广泛应用的高通量测序方法，通常用于研究微生物群落的组成和结构。该方法通过扩增特定基因或片段（例如16S rRNA基因、ITS区域等），然后进行测序，从而获取关于微生物群落中不同微生物的序列信息。扩增子测序可以提供关于微生物群落组成和多样性的信息。 \nSpecies Hypothesis（物种假说）是在扩增子测序数据分析中的一个概念，指的是根据扩增子序列的相似性将其归类为同一物种的假设。在扩增子测序数据分析中，通常会将扩增子序列与已知的参考序列数据库进行比对，然后基于相似性将其分配到不同的物种假说中。 \n操作分类单元（OTU，Operational Taxonomic Unit）是在扩增子测序数据分析中用于描述微生物分类单元的概念。OTU可以理解为一组具有相似序列的扩增子，通常以一定的相似度阈值作为界定。在扩增子测序数据分析中，通过聚类算法将相似的扩增子序列聚合为一个OTU，从而反映微生物群落中存在的不同操作分类单元。 \n总结来说，扩增子测序是一种获取微生物群落信息的方法，Species Hypothesis是对扩增子序列进行物种分类的假设，而OTU是根据扩增子序列的相似性将其聚类为一个操作分类单元。