扩增子测序：SH和OTU的区别及应用

SH (Subsampling and Homogenization) 和 OTU (Operational Taxonomic Units) 是在扩增子测序中用于分析微生物组成的两种不同的方法。

SH (Subsampling and Homogenization): SH方法是一种基于统计学原理的方法，用于评估样本中微生物的物种多样性。在SH方法中，样本中的DNA被随机选择和抽样，然后进行测序分析。该方法可以通过估计物种丰度和多样性指数来推断样本的微生物组成。SH方法可以帮助研究人员在不测序整个样本的情况下，对样本的微生物组成进行预测，从而节省测序成本。
OTU (Operational Taxonomic Units): OTU是一种基于DNA序列相似性的分类单元，用于将测序数据进行分类和聚类。在OTU方法中，测序数据被比对到参考数据库中的序列，然后根据设定的相似性阈值进行聚类。每个聚类被视为一个OTU，代表了一个可能的微生物种类。OTU方法可以帮助研究人员确定样本中存在的微生物种类及其相对丰度。

因此，SH方法主要用于评估样本的物种多样性和丰度，而OTU方法则用于对测序数据进行分类和聚类，以确定微生物组成。两种方法在扩增子测序中有不同的应用和目的。