Python 脚本：按长度排序 FASTA 文件并写入新文件

以下 Python 脚本演示了如何读取 FASTA 文件，按序列长度对其进行排序，并将排序后的结果写入名为 'C.fasta' 的新文件：

def sort_fasta_by_length(filename):
    seq_dict = {}
    with open(filename, 'r') as file:
        lines = file.readlines()
        for i in range(0, len(lines), 2):
            seq_id = lines[i].strip()
            sequence = lines[i+1].strip()
            seq_dict[seq_id] = sequence
    
    sorted_seqs = sorted(seq_dict.items(), key=lambda x: len(x[1]))
    
    with open('C.fasta', 'w') as output_file:
        for i, seq in enumerate(sorted_seqs):
            if i % 2 == 0:
                output_file.write(seq[0] + '\n')
                output_file.write(seq[1] + '\n')

# 使用示例
sort_fasta_by_length('output97b.fasta')

该脚本首先使用 with open(filename, 'r') as file: 读取输入 FASTA 文件，并将内容存储在 lines 列表中。然后，它使用循环遍历 lines 列表，每两个元素对应一个序列标识符 (seq_id) 和序列 (sequence)，并将它们存储在字典 seq_dict 中。

接下来，使用 sorted(seq_dict.items(), key=lambda x: len(x[1])) 按序列长度对字典进行排序，并将排序后的结果存储在 sorted_seqs 列表中。

最后，使用 with open('C.fasta', 'w') as output_file: 打开名为 'C.fasta' 的输出文件，并使用循环遍历 sorted_seqs 列表，将排序后的序列标识符和序列写入文件。

通过以上步骤，您就可以将排序后的 FASTA 序列写入新的文件 'C.fasta' 中。