FAMTOM数据分析揭示ARAP1启动子活性与肝癌细胞HepG2转录信号的关系

本研究使用FAMTOM数据获取了3例正常肝组织和3例HepG2的CAGE数据。根据Tan团队的研究[102]，将HepG2中启动子活性低于0.25的划分为无活性启动子，将启动子活性在0.25-1.5之间的划分为低启动子活性组，而高于1.5的划分为高启动子活性组。对比HepG2不同组的启动子活性CAGE信号，结果显示高启动子活性组几乎都可以检测到CAGE信号，而无活性启动子几乎没有检测到CAGE信号，这表明启动子活性计算的可靠性较高（图 3 - 36 A）。通过对比正常肝组织和HepG的ARAP1信号，我们发现在HepG2中只能检测到启动子prmtr.61501的转录信号，而在正常肝细胞组中只能检测到prmtr.61499的转录信号（图 3 - 36 B），这与我们之前得到的启动子活性结果一致。