ARAP1基因在肝细胞癌中的选择性启动子调控及其与预后的关联

总结而言，我们发现在肝细胞癌（HCC）中，相较于正常肝组织，ARAP1基因的整体表达不变。然而，启动子'prmtr.61501'的活性显著升高，而启动子'prmtr.61499'的活性显著下降。进一步的相关性分析显示，这两个启动子的活性变化与其甲基化状态改变之间存在显著的负相关。而且，HCC中'prmtr.61499'的高甲基化和'prmtr.61501'的低甲基化与不良预后有关。在HepG2细胞中，ARAP1也被鉴定为一个受甲基化调控的选择性启动子，并且CAGE测序进一步验证了其异常的启动子活性变化。ATAC-seq数据显示，具有高甲基化和低表达特征的'prmtr.61499'具有较低的染色质开放信号，而'prmtr.61501'则相反。因此我们推测，ARAP1不同启动区域的甲基化状态变化导致了启动子'prmtr.60501'的活性增加和'prmtr.61499'活性的下降，从而产生了不同功能的mRNA和蛋白亚型，进而促进了肿瘤的发生和发展。