HCC组织启动子活性变化验证：88.8% DRPs活性变化得到验证

为了验证公共数据的结果，我们收集了4组样本，包括2个HCC组织和2个正常肝组织，进行了全转录组测序。详细的样本基本信息可见方法表2-5，测序比对统计信息可见附表1。在剔除了在HCC组织和正常肝组织中均无法检测到活性的启动子后，我们共获得了54293个启动子的活性（对应19984个基因）。其中53801个启动子的活性能够同时在GSE77276数据集和我们的验证集中检测到（图3-25 A）。我们根据以下标准验证了启动子活性的变化：①相对于正常肝组织，HCC组织中启动子活性变化的|Fold Change| > 1.2；②相对于正常肝组织，HCC组织中启动子活性变化的方向在两个数据集中一致。研究结果显示，88.8%（12347/13906）的DRPs活性变化在新的数据样本中得到了验证（图3-25 B）。进一步对APs和mrAPs进行分析，结果显示约86.6%（554/640）的APs和85.6%（137/160）的mrAPs的启动子活性变化能够在新的数据样本中得到验证（图3-25 C-D）。