R语言批量Welch's t-test差异基因分析：输入文件处理及结果输出

在R语言中，可以使用t.test函数进行Welch’s t-test差异基因分析。以下是一个示例代码，演示如何批量进行差异分析并将结果输出到一个文件中：

# 读取输入文件
data <- read.table("input.txt", header = TRUE)

# 创建一个空的结果列表
result <- list()

# 循环遍历每行基因
for (i in 1:nrow(data)) {
  # 提取每行的基因ID和基因丰度数据
gene <- as.character(data[i, 1])
group1 <- as.numeric(data[i, 2:4])
group2 <- as.numeric(data[i, 5:8])
  
  # 执行Welch’s t-test
ttest <- t.test(group1, group2)
  
  # 提取差异统计信息
pvalue <- ttest$p.value
mean_diff <- mean(group1) - mean(group2)
  
  # 将差异基因信息存储到结果列表中
result[[gene]] <- c(pvalue, mean_diff)
}

# 将结果列表转换为数据框
result_df <- do.call(rbind, result)

# 将结果输出到文件
write.table(result_df, "output.txt", sep = "\t", col.names = FALSE, quote = FALSE)

请注意，上述代码中的输入文件名为"input.txt"，输出文件名为"output.txt"，你可以根据实际情况进行修改。此外，该代码假设输入文件中的基因ID列名为"基因ID"，你需要根据实际情况进行修改。