R语言clusterProfiler包进行KEGG通路富集分析和绘图

使用R语言的clusterProfiler包进行基因集富集分析，并绘制KEGG通路的点图。

代码示例：

library(clusterProfiler)
setwd('G:/genome-Cal/write/CalvsEla/KEGG/')
kegg = read.csv('kegg.anno.xls',header = T,sep = '\t')
gene_list = read.csv('gene.list',header = F,sep = '\t')
gene_list = gene_list$V1
enrich_KEGG = enricher(gene = gene_list,TERM2GENE = kegg[c('ko_id','gene_id')],TERM2NAME = kegg[c('ko_id','pathway')],pvalueCutoff = 0.5)
dotplot(enrich_KEGG)

代码解释：

1. library(clusterProfiler): 加载clusterProfiler包。
2. setwd('G:/genome-Cal/write/CalvsEla/KEGG/'): 设置工作目录。
3. kegg = read.csv('kegg.anno.xls',header = T,sep = '\t'): 读取KEGG注释文件。
4. gene_list = read.csv('gene.list',header = F,sep = '\t'): 读取基因列表文件。
5. gene_list = gene_list$V1: 提取基因列表中的基因名。
6. enricher(gene = gene_list,TERM2GENE = kegg[c('ko_id','gene_id')],TERM2NAME = kegg[c('ko_id','pathway')],pvalueCutoff = 0.5): 进行基因集富集分析。
7. dotplot(enrich_KEGG): 绘制KEGG通路的点图。

总结：

该代码使用clusterProfiler包对给定的基因列表进行KEGG通路富集分析，并绘制了点图，直观地展示了富集到的通路以及其显著性水平。