一些个性化参数的设置\npheatmap(data,scale = "row",\n show_colnames = TRUE, # 显示列名\n show_rownames=TRUE, # 显示行名\n fontsize=10, # 字体大小\n color = colorRampPalette(c('#1C86EE','white','red'))(100), # 指定颜色,50代表生成了50种渐变色的向量\n annotation_legend=TRUE, # 显示图例\n border_color="black", # 每个方块边框颜色\n cluster_rows = F, # 对行聚类\n cluster_cols = F, # 对列聚类,行列聚类使用的度量方法clustering_distance_rows="euclidean\”,一般默认欧氏距离;也可选用其他度量方法,如可选用 "correlation"表示按照 Pearson correlation方法进行聚类\n display_numbers=TRUE, #在热图中每个单元格中显示具体数值\n number_color="black", # 数值的颜色\n cellwidth = 40,cellheight = 15, # 设置热图方块宽度和高度\n #display_numbers = matrix(ifelse(data > 0.5, "***", ""), nrow(data)),这个命令与显示数据二选一\n main="Test", # 设置图形标题\n \n \n)想要在这个命令中不采用行标准化,采用log2,命令该如何修改\n要在命令中不采用行标准化,而是采用log2,可以使用scale = \"none\"来禁用行标准化,然后使用log2()函数对数据进行log2转换。修改后的命令如下:\n\nR\npheatmap(log2(data + 1),\n scale = \"none\",\n ...\n)\n\n\n注意,为了避免log2(0)的错误,这里对数据先加1再进行log2转换。

R语言pheatmap热图绘制:使用log2转换数据并禁用行标准化

原文地址: https://www.cveoy.top/t/topic/p3Bj 著作权归作者所有。请勿转载和采集!

免费AI点我,无需注册和登录