MS-AP-PCR：一种识别基因组DNA差异甲基化的简便方法

与RLSG相比，甲基化敏感的任意引物PCR（MS-AP-PCR）操作简单，可用于识别和表征基因组DNA的差异甲基化区域，并分离在肿瘤发生过程中发生甲基化变化的特定DNA片段[69, 70]。该方法通过用甲基化敏感性限制酶消化基因组DNA，然后进行低严格PCR来鉴定基因组DNA中差异甲基化的条带。在低退火温度下，引物与基因组DNA的随机结合会产生多个PCR片段。接着，使用RsaI、RsaI + HpaII和RsaI + MspI 进行限制性内切酶消化后进行电泳。通过对比肿瘤组通道与正常样本的通道，可以获得差异甲基化的条带，并进一步通过检测条带序列获取差异甲基化区域的坐标位置[70]。然而，随着技术的进步，基于凝胶分析的检测方式已经很少使用，取而代之的是更简化、更精确且通量更高的芯片和测序检测方式。