Megahit 命令参数解析 - 构建 DNA 序列

该命令 time megahit -t 6 -1 'tail -n+2 result/metadata.txt|cut -f 1|sed 's/^/temp/qc//;s/$/_1.fastq/'| tr '\n' ','|sed 's/,$//' -2 'tail -n+2 result/metadata.txt|cut -f 1|sed 's/^/temp/qc//;s/$/_2.fastq/'| tr '\n' ','|sed 's/,$//' -o temp/megahit解读参数 使用 Megahit 程序从配对末端reads组装DNA序列。

以下是参数解析：

• -t 6: 使用 6 个线程进行组装过程。

• -1: 每个配对中第一个reads的输入文件。

• 'tail -n+2 result/metadata.txt|cut -f 1|sed 's/^/temp/qc//;s/$/_1.fastq/'| tr '\n' ','|sed 's/,$//'`: 该命令选择 metadata.txt 文件的第一列（不包括标题），该列包含样本名称。然后，它为每个样本名称添加目录 “temp/qc/” 和后缀 “_1.fastq”，创建每个配对中第一个reads的输入文件列表。

• -2: 每个配对中第二个reads的输入文件。

• 'tail -n+2 result/metadata.txt|cut -f 1|sed 's/^/temp/qc//;s/$/_2.fastq/'| tr '\n' ','|sed 's/,$//'`: 此命令与上一个命令类似，但它为每个样本名称添加后缀 “_2.fastq”，创建每个配对中第二个reads的输入文件列表。

• -o temp/megahit解读参数: 组装结果的输出目录。结果将保存在目录 “temp/” 中，并以 “megahit解读参数” 为前缀。