使用 ChemProp 预测大肠杆菌生长抑制：完整代码示例

本教程将展示如何使用 ChemProp 预测化合物对大肠杆菌生长抑制作用。我们将使用 'mmc1.xlsx' 作为训练数据集。

步骤 1：安装必要的库

pip install chemprop

步骤 2：加载数据

import pandas as pd
from chemprop.datasets import CSVDataset

data = pd.read_excel('mmc1.xlsx')
dataset = CSVDataset(data, smiles_column='smiles', target_columns=['growth_inhibition'])

步骤 3：训练模型

from chemprop.train import train

model = train(data=dataset, epochs=100, save_dir='./models')

步骤 4：加载模型并进行预测

from chemprop.train import load_checkpoint
from chemprop.predict import predict

model = load_checkpoint('./models/best_model.pt')
predictions = predict(model, dataset)

步骤 5：分析预测结果

print(predictions)

注意：

• 请确保你的 'mmc1.xlsx' 文件包含 'smiles' 和 'growth_inhibition' 列。
• 您可以调整代码参数，例如训练 epochs 和保存目录。
• 本示例仅提供基本框架，实际应用中可能需要根据具体情况进行修改。