可以使用sed命令来处理这个文件:

  1. 删除所有'>':
sed '/>/d' file.txt > file1.txt
  1. 删除所有带Contig的行:
sed '/Contig/d' file1.txt > file2.txt
  1. 将每两个Chr开头的行,中间的行合并成1行:
sed -e :a -e '$!N;s/
Chr/ Chr/;ta' file2.txt > file3.txt

解释一下上面这个命令:

  • -e 表示执行一个命令;
  • :a 定义一个标签a
  • $!N 如果不是最后一行,则读入下一行并追加到模式空间中;
  • s/ Chr/ Chr/ 将换行符和Chr替换成一个空格和Chr;
  • ta 如果上一步替换成功,则跳转到标签a处继续执行。

最终处理后的文件是file3.txt。

Linux 命令行处理文件:合并Chr行并删除Contig行

原文地址: https://www.cveoy.top/t/topic/odYG 著作权归作者所有。请勿转载和采集!

免费AI点我,无需注册和登录