Seqkit Stats 命令详解：统计序列文件基本信息

Seqkit Stats 命令详解：统计序列文件基本信息

time seqkit stats data/*.fq.gz -a -o seqkit_rawdata_stats.txt

该命令使用 Seqkit 软件的 stats 命令来统计序列文件的基本信息。下面将逐个解释命令中的参数：

• time：计时并显示程序运行时间。
• seqkit stats：Seqkit 软件的 stats 命令，用于统计序列文件的基本信息。
• data/*.fq.gz：输入的序列文件，使用通配符 * 匹配所有 fq.gz 格式的文件。
• -a：参数表示输出所有序列的统计信息。
• -o：参数表示将结果输出到指定文件中。
• seqkit_rawdata_stats.txt：指定输出文件的文件名。

示例：

假设您的序列文件存储在名为 data 的文件夹中，并以 *.fq.gz 格式命名。您可以使用以下命令来统计所有序列文件的基本信息，并将结果输出到名为 seqkit_rawdata_stats.txt 的文件中：

time seqkit stats data/*.fq.gz -a -o seqkit_rawdata_stats.txt

输出结果：

该命令将生成一个名为 seqkit_rawdata_stats.txt 的文本文件，其中包含所有序列文件的统计信息，包括序列数量、总碱基数、平均序列长度等。

总结：

Seqkit stats 命令是一个强大的工具，可以用来统计序列文件的基本信息。通过使用通配符和输出参数，您可以轻松地统计多个序列文件的信息，并将结果输出到指定文件中。