使用 parallel 包并行处理 R 脚本：优化微生物组数据
library(parallel) cl <- makeCluster(detectCores()) clusterExport(cl, 'physeq1') physeq1 <- parLapply(cl, 1:ncol(physeq@otu_table), function(i) { sapply(physeq@otu_table[,i], function(x) ifelse(x<=sum(physeq@otu_table[,i])*0.0005, 0, x)) }) stopCluster(cl)
将结果合并为一个数据框
physeq1@otu_table <- as.data.frame(physeq1) colnames(physeq1@otu_table) <- colnames(physeq@otu_table)
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