phyloseq: 移除样本和零值数据教程

phyloseq: 移除样本和零值数据教程

本教程将演示如何使用 phyloseq 包中的 subset_samples() 和 transform_sample_counts() 函数来移除 phyloseq 对象中的样本和零值数据。

移除样本

要从 phyloseq 对象中删除样本，可以使用 subset_samples() 函数。以下是一个示例：

# 创建一个 phyloseq 对象
library(phyloseq)
data(GlobalPatterns)
ps <- prune_taxa(taxa_sums(GlobalPatterns) > 0, GlobalPatterns)

# 选择要删除的样本名称
remove_samples <- c('PC.354', 'PC.355')

# 从 phyloseq 对象中删除样本
ps_sub <- subset_samples(ps, !sample_names(ps) %in% remove_samples)

移除零值

要从 phyloseq 对象中删除零值，可以使用 transform_sample_counts() 函数。以下是一个示例：

# 创建一个 phyloseq 对象
library(phyloseq)
data(GlobalPatterns)
ps <- prune_taxa(taxa_sums(GlobalPatterns) > 0, GlobalPatterns)

# 从 phyloseq 对象中删除零值
ps_no_zero <- transform_sample_counts(ps, function(x) x / sum(x) > 0)

注意：

• subset_samples() 函数将完全删除选定的样本，而 transform_sample_counts() 函数将对数据进行转换，并将零值转换为 NA。
• transform_sample_counts() 函数中的函数 x / sum(x) 将样本计数转换为相对丰度，然后筛选出相对丰度为零的条目。
• 以上代码段示例仅展示了基本操作，您可以根据自己的需求进行调整。