参数解释如下:

' --input ${pcl} ':输入文件路径,该参数指定输入数据文件的路径。在这个例子中,${pcl}是一个占位符,实际上应该替换为具体的文件路径。

' --focal-metadatum Group ':聚焦元数据的名称,该参数指定用来进行比较的元数据列的名称。在这个例子中,选择了名为'Group'的元数据列。

' --focal-type categorical ':聚焦类型,该参数指定聚焦元数据的类型。在这个例子中,选择了分类类型的元数据。

' --last-metadatum Group ':最后的元数据名称,该参数指定用来进行比较的最后一个元数据列的名称。在这个例子中,选择了名为'Group'的元数据列。

' --fdr 0.05 ':FDR(False Discovery Rate)阈值,该参数指定进行统计显著性测试时所使用的FDR阈值。在这个例子中,选择了0.05作为FDR阈值。

' --output /home/liulanzhou/metagenome/lss/humann2result/diffgroups/associate.txt ':输出文件路径,该参数指定结果输出文件的路径。在这个例子中,结果将保存在'/home/liulanzhou/metagenome/lss/humann2result/diffgroups/associate.txt'文件中。

humann2_associate 参数详解:差异组分析

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