使用 FSL 批量去除 MRI 图像小脑的 Shell 脚本

以下是使用 FSL 批量去除 mci.nii.gz 图像小脑的 Shell 脚本：

#!/bin/bash

# 设置输入输出目录
input_dir='/path/to/input/dir'
output_dir='/path/to/output/dir'

# 遍历输入目录中的所有 nii.gz 文件
for file in ${input_dir}/*.nii.gz; do
  # 提取文件名
  filename=$(basename ${file} .nii.gz)
  
  # 小脑去除
  fslmaths ${file} -mas ${input_dir}/mci.nii.gz -mul -1 -add ${input_dir}/mci.nii.gz ${output_dir}/${filename}_mci_removed.nii.gz
done

说明：

1. 将脚本中的 '/path/to/input/dir' 和 '/path/to/output/dir' 分别替换为实际的输入和输出目录路径。
2. 脚本假设输入目录中只包含需要处理的 nii.gz 文件，且每个文件的文件名都不包含空格。
3. fslmaths 命令将原始图像与 mci.nii.gz 进行小脑去除，生成去除小脑后的新图像。
4. 新图像的文件名为原始文件名加上 '_mci_removed.nii.gz' 后缀。