使用FSL 批量去除 MCI.nii 图像小脑的 Shell 脚本

以下是使用 FSL 批量去除 MCI.nii 图像小脑的 Shell 脚本：

#!/bin/bash

# 设置工作目录
cd '/path/to/your/data'

# 循环遍历所有的 mci.nii 文件
for file in $(ls *mci.nii)
do
  # 提取文件名（不包含扩展名）
  filename=$(basename '$file' .nii)

  # 使用 fslmaths 去除小脑
  fslmaths '$filename'.nii -mul '$filename'_mask.nii '$filename'_brain.nii'
done

该脚本假设您的 mci.nii 文件和对应的小脑掩模文件都在同一个目录下，并且掩模文件的命名规则为 <filename>_mask.nii。

脚本会循环遍历所有的 mci.nii 文件，提取文件名并使用 fslmaths 命令将小脑从图像中去除，最终输出以 <filename>_brain.nii 命名的新文件。