OTU 稀释曲线计算方法:详细步骤与应用
观察到的 OTU 的稀释曲线列表的计算可以按照以下步骤进行:
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在每个样本中,计算每个 OTU 的相对丰度,即将每个 OTU 的读数除以总读数。
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对于每个样本,将相对丰度按照从大到小的顺序排列。
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选择一个稀释系数,例如 0.1,计算每个相对丰度的对数值(log10)。
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绘制相对丰度的对数值随着稀释倍数的变化的曲线,称为稀释曲线。
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对于每个 OTU,选择稀释曲线上的一点,例如相对丰度降至 10% 时的点,记录该点对应的稀释倍数。
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对于每个样本,重复以上步骤,记录每个 OTU 的稀释倍数。
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将不同样本中同一 OTU 的稀释倍数取平均值,得到该 OTU 的平均稀释倍数。
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根据平均稀释倍数,计算每个 OTU 的真实丰度,即将相对丰度乘以平均稀释倍数。
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可以使用这些真实丰度来比较不同样本中 OTU 的相对丰度,以及进行其他进一步的分析。
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