泛SARS-CoV检测:应对新兴和再现冠状病毒的全球健康威胁
新兴和再现的冠状病毒对全球健康构成严重威胁。2019年12月,中国武汉出现一组患有不明肺炎的患者(1)。后来从患者的支气管肺泡灌洗液中分离出了一种新型冠状病毒,并由国际病毒分类委员会(ICTV)命名为严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(SARS-CoV-2)(2,3)。冠状病毒病19(COVID-19)疫情迅速蔓延,并摧毁了几乎整个世界,标志着21世纪第三次高度传染性冠状病毒进入人类群体(4-6)。
SARS-CoV-2是已知的第七种能够导致人类感染的冠状病毒(7,8)。尽管其流行病学历史仍然神秘,但SARS-CoV-2在基因上与此前在中国南部检测到的一种蝙蝠冠状病毒(RaTG13)(基因组序列相似度为96.2%)密切相关(9)。基于其基因接近性,SARS-CoV-2被推测具有动物源性,并在野生哺乳动物和洞穴蝙蝠之间的森林循环中维持,就像SARS-CoV-1(2003)一样(10)。SARS-CoV-2可能通过未知的中间哺乳动物宿主(如穿山甲)直接传播到人类中(11)。蝙蝠和野生动物普遍排放冠状病毒,人类对自然生态系统的干扰以及全球化的繁荣都是可能促进假设的SARS-CoV-3或新的SARS相关CoV在国际范围内引起大规模爆发的关键因素(12-15)。此外,SARS-CoV-2的遗传和抗原多样性高度复杂,使得医学对策限制正在进行的大流行病变得困难。因此,迫切需要开发准确和快速的诊断试验来遏制SARS-CoV-2的传播并提高应急管理能力。
目前,在临床设置中可用多种COVID-19诊断测试,包括分子检测和抗原检测测试,其诊断准确性不同。虽然病毒已被使用各种免疫诊断方法检测出来,例如免疫荧光、化学发光、侧流、酶联免疫吸附试验,但由于不一致的准确性和异质性敏感性,其中很少被广泛采用用于大规模测试(16)。核酸检测通过定量实时反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)仍然是COVID-19诊断的金标准技术(17,18)。以前的病毒学研究已经制定了具有特异性寡核苷酸探针的修正试验,以实现SARS-CoV-2区分,但这些策略可能不足以检测SARS-CoV-1或SARS相关CoVs。此外,这些RT-qPCR试验通常缺乏或仅使用DNA作为内在控制,这不能最小化由反转录步骤引起的RT-qPCR失败风险。
因此,本研究的目的是开发一个具有RNA基内部控制优化的强大的泛SARS-CoV试验。这种通用RT-qPCR试验可能具有更大的潜力,用于SARS-CoV-2变体的例行监测,并为全球应对未来出现/再现的SARS相关CoVs或SARS-CoV-1做出预测。
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