加载ggplot2库

library(ggplot2)

生成一个20x19大小的矩阵，其中元素的值在0-1之间随机生成

testA = matrix(runif(n=380,0,1),20,19)

给矩阵的列名添加前缀'cancer'和字母A到S

colnames(testA) = paste0('cancer',LETTERS[1:19])

给矩阵的行名添加前缀'sample'和数字1到20

row.names(testA) = paste0('sample',1:20)

加载reshape2库

library(reshape2)

将矩阵转换为长格式的数据框，其中列名为'cancer'，行名为'sample'，值为'exp'

dataA = melt(testA, varnames = c('sample','cancer'), value.name = 'exp')

定义一个函数，根据标签生成颜色

get_label_colors <- function(labels,pal='Dark2',labels_unique=NULL,alpha=1){

如果未指定标签，则取唯一值

if (is.null(labels_unique)){ labels_unique <- sort(unique(labels)) }

选择一个调色板

palette <- RColorBrewer::brewer.pal(n=RColorBrewer::brewer.pal.info[pal,'maxcolors'],pal)

lab2col <-list() i <- 1 for (lab in labels_unique) { # 为每个标签生成一个颜色，调整透明度 lab2col[[lab]] <- grDevices::adjustcolor(palette[(i-1)%%length(palette) + 1],alpha) i <- i+ 1 }

colors <- c() for (lab in labels){ # 根据标签获取颜色 colors <- c(colors,lab2col[[lab]]) }

colors }

生成颜色向量，颜色与标签一一对应

colors = get_label_colors(unique(dataA$cancer))

绘制小提琴图

p1 <-ggplot(dataA,aes(cancer,exp,fill=cancer))+ geom_violin()+ coord_flip()+ scale_fill_manual(values = colors)+ stat_summary(fun=mean,geom = 'point', shape = 19, size = 2, color = 'black')+ theme_bw()+

添加两条水平虚线

geom_hline(aes(yintercept=0.6),colour='#565354',linetype='dashed')+ geom_hline(aes(yintercept=0.3),colour='#565354',linetype='dashed')+ xlab('')+ ylab('A indicator indicator A')+

设置主题

theme(panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(), axis.text.y = element_text(size = 12, face = 'bold'), legend.title = element_blank(), legend.position = 'none')

生成四个图形对象

p <- list( p1, p1 + remove_y, p1+remove_y, p1+remove_y )

将四个图形对象组合成一行

wrap_plots(p, nrow=1)

将图形保存为pdf文件

ggsave('3.complex_violin.pdf',width = 8,height = 6)