R语言两因素方差分析后进行Scheirer-Ray-Hare检验和多重比较

在进行两因素方差分析后，可以使用rcompanion包库中的scheirerRayHare函数进行组间差异的比较。该函数返回了各组间的P值和F值，可以根据这些结果进行后续的多重比较。

常见的多重比较方法包括Tukey HSD、Bonferroni、Dunnett等。在R语言中，可以使用多个包库进行多重比较，如multcomp、lsmeans等。

以下是使用multcomp包库进行Tukey HSD多重比较的示例代码：

library(multcomp)
mc <- glht(model, linfct = mcp(factor1 = 'Tukey', factor2 = 'Tukey'))
summary(mc)

其中，model为进行两因素方差分析的模型，linfct参数指定了进行Tukey HSD多重比较，最后通过summary函数打印比较结果。

需要注意的是，在进行多重比较时需要对P值进行校正，以避免多次比较导致的假阳性错误。常见的校正方法包括Bonferroni校正、Holm校正、Benjamini-Hochberg校正等。在multcomp包库中，可通过设置控制方法来进行校正。

例如，以下代码中的'adjusted'指定了使用Holm校正进行多重比较：

mc <- glht(model, linfct = mcp(factor1 = 'Tukey', factor2 = 'Tukey'))
summary(mc, test = adjusted(type = 'holm'))

在上述代码中，使用test参数设置了校正方法为Holm校正。