使用R语言读取和分析APSIM模型输出结果

本文介绍了如何使用R语言读取APSIM模型输出文件，并对结果进行分析。

1. 读取APSIM输出文件

首先，需要定义一个函数read_APSIM_output来读取APSIM输出文件，并将结果存储为数据框。

read_APSIM_output <- function(file) {
  # 读取APSIM输出文件
  output <- read.table(file, header = TRUE, sep = ",")
  # 将输出文件的列名处理为合适的格式
  colnames(output) <- gsub("\\.", "_", colnames(output))
  # 返回数据框
  return(output)
}

2. 读取土壤信息

在R中读取csv文件，将土壤信息存储为一个数据框。

soil_df <- read.csv('E:/weidan/SOIL.csv')

3. 安装和加载APSIM R包，设置模型运行参数

#install.packages("APSIM")
#library(APSIM)

apsim <- readLines('E:/weidan/region1wheat/quyu1xiaomai.apsim', warn = FALSE)

# 模型运行参数
sim_parameters <- list(
  simulation_name = "my_simulation",
  override_met = TRUE, # 是否使用默认气象数据
  datapath = ".", # 数据文件夹路径
  soilpath = ".", # 土壤文件夹路径
  version = "7413.3", # APSIM版本号
  start_date = as.Date("1990-01-01"),
  end_date = as.Date("2000-12-31"),
  run_type = "auto", # 运行类型（auto或batch）
  num_workers = 1 # 并行运行的进程数
)

4. 针对每个站点和深度，设置土壤参数，并运行APSIM模型

for (i in 1:nrow(soil_df)) {
  site <- soil_df$site[i]
  lat <- soil_df$lat[i]
  lon <- soil_df$lon[i]
  
  for (depth in c(5, 15, 30, 60, 100, 200)) {
    # 设置土壤参数
    soil_parameters <- list(
      Site = site,
      Latitude = lat,
      Longitude = lon,
      Depth = depth,
      LL15 = soil_df$LL15[i],
      DUL = soil_df$DUL[i],
      SAT = soil_df$SAT[i],
      BD = soil_df$BD[i]
    )
    
    # 运行APSIM模型
    #output <- run_APSIM(sim_parameters, soil_parameters)
    system(paste(apsim_exe, file_apsim),wait = TRUE,ignore.stdout=TRUE,show.output.on.console=FALSE)
    # 将结果保存为CSV文件
    
    #需要定义一个新的apsim文件！
    file_apsim <- paste0('E:/weidan/region1wheat/SHIYONG.apsim') 
    
    writeLines(apsim, file_apsim)
    
    system(paste(apsim_exe, file_apsim),wait = TRUE,ignore.stdout=TRUE,show.output.on.console=FALSE)
    
    file.copy('E:/weidan/region1wheat/SHIYONG.out',paste0('E:/weidan/region1wheat/SHIYONG/',df$name[i],'.out'))
   
    
    print(i)
  }
}

5. 将输出保存为CSV文件

可以使用read_APSIM_output函数读取APSIM输出文件，并使用fwrite函数将结果保存为CSV文件。

# 读取APSIM输出文件，并将结果保存为CSV文件
output <- read_APSIM_output("E:/weidan/region1wheat/SHIYONG.out")
fwrite(output, file = "E:/weidan/region1wheat/SHIYONG.csv")

总结

本文介绍了如何使用R语言读取和分析APSIM模型输出结果，并提供了完整的代码示例。希望本文能够帮助您更好地使用R语言进行APSIM模型结果的分析。

注意： 本文中的代码示例仅供参考，实际应用中需要根据您的具体需求进行修改。