使用 FSL 批量分割 .nii 图像的 Shell 脚本

以下是一个使用 FSL 批量为后缀名为 .nii 图像进行图像分割的 Shell 脚本：

#!/bin/bash

# 输入和输出目录
input_dir='/path/to/input'
output_dir='/path/to/output'

# 获取所有 .nii 文件
files=$(ls $input_dir/*.nii)

# 循环处理每个文件
for file in $files
do
    # 提取文件名（不包括后缀）
    filename=$(basename '$file' .nii)

    # 使用 fsl 进行图像分割
    fslmaths $file -thr 0.5 -bin $output_dir/${filename}_seg.nii
done

echo '图像分割完成！'

这个脚本首先设置了输入和输出目录，并使用 ls 命令获取所有后缀名为 .nii 的文件。然后循环处理每个文件，使用 basename 命令提取文件名（不包括后缀），并使用 fslmaths 命令进行图像分割，将结果存储在输出目录中。最后输出一条消息表示图像分割完成。