Python 代码解析:驱动基因与非驱动基因分类
Python 代码解析:驱动基因与非驱动基因分类
这段代码使用 Python 语言,通过循环遍历数据集中的节点名称,将其分类为驱动基因和非驱动基因,并分别存储在两个列表中。
d_in_net = [] # Canonical driver genes in the network
nd_in_net = [] # Nondriver genes in the network
for g in dataset['node_name']:
if g in d_lst:
d_in_net.append(g)
elif g in nd_lst:
nd_in_net.append(g)
代码分析:
-
初始化列表: 代码首先创建了两个空列表:
d_in_net用于存储驱动基因,nd_in_net用于存储非驱动基因。 -
遍历节点名称: 循环
for g in dataset['node_name']:遍历数据集中的节点名称列表dataset['node_name']。 -
分类判断: 对于每个节点名称
g,代码执行以下判断:if g in d_lst::如果节点名称存在于预先定义的驱动基因列表d_lst中,则将其添加到d_in_net列表中。elif g in nd_lst::如果节点名称存在于预先定义的非驱动基因列表nd_lst中,则将其添加到nd_in_net列表中。
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排除其他基因: 如果节点名称既不在驱动基因列表
d_lst中,也不在非驱动基因列表nd_lst中,则不会将其添加到任何一个列表中。
总结: 该代码片段通过循环遍历和条件判断,将数据集中的节点名称分类到驱动基因列表和非驱动基因列表中。最后,这两个列表中存储的基因名称可以用于进一步的分析和处理,例如进行基因功能分析或绘制基因网络图。
相关知识:
- Python 列表: Python 列表是一种有序的可变数据类型,用于存储一组数据。
- 循环遍历:循环遍历是一种常见的编程操作,用于重复执行一段代码,直到满足特定条件。
- 条件判断:条件判断语句用于根据条件执行不同的代码分支。
- 驱动基因: 驱动基因在细胞生长和发育中起着重要作用,其变异可能导致癌症等疾病。
- 非驱动基因: 非驱动基因通常与细胞生长和发育无关,其变异可能不会导致明显的疾病。
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