基因表达变化分析：基于TCGA和GTEx数据集的量化分析

为了量化每个样本中每个基因的表达水平，我们使用了Wang等人的数据集74，该数据集包括了TCGA中肿瘤和对照样本的RNA-seq数据，以及GTEx联盟中正常样本的表达数据，这些数据已经进行了量化标准化和批次校正（使用ComBat77）。

对于每个基因，差异表达被计算为癌症和匹配的正常样本之间的表达的log2倍数，然后在样本中取平均值。

如果基因的表达在正常或匹配的癌症类型特异样本中没有被测量，则该基因的表达组学值不被计算，并且其缺失值被设置为零。