肿瘤与正常组织基因启动子甲基化差异分析

本研究使用Illumina公司的芯片收集了肿瘤和邻近正常组织的DNA甲基化数据。根据GENCODE的注释，我们定义了每个基因的启动子，并计算了每个基因的平均启动子甲基化水平ß。为消除批次效应，我们采用了ComBat[24]方法。最后，我们计算了基因启动子甲基化在肿瘤组织和相应正常组织中的差异性。

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