启动子区域DNA甲基化变化分析

本研究对TCGA数据库中450k Illumina bead arrays的DNA甲基化数据进行了分析，旨在研究启动子区域DNA甲基化变化。研究人员首先根据GENCODE注释(v.28)的5'-注释转录本的起始位点，定义了每个基因的±1,000个碱基对应的启动子区域。然后，对于每个启动子区域内的CpG位点，计算其β值的平均值，从而得到每个基因的启动子平均甲基化水平。为了消除批次效应的影响，研究人员使用ComBat模型对每个癌症类型进行了批次效应校正，并使用样本板号作为批次变量进行校正。最后，针对每个癌症类型，研究人员计算了相应基因启动子甲基化信号在肿瘤组织和相应正常组织中的差异性。具体而言，对于每个癌症类型中的每个基因，研究人员将所有样本中肿瘤组织和相应正常组织的β值差异求平均，从而得到该基因启动子甲基化的差异性。